变种人天启诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃眼就是数千年过去。一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女、灵蝶，天使，还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授带领着魔形女、野兽和凤凰等人，发誓要粉碎天启的阴谋。

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方记忆的淘气、双眼能放致命射线的独眼狼、能随意控制气候的暴风女（哈莉•贝瑞 Halle Berry 饰）、具有隔空取物和瞬间移动移动能力的琴葛蕾（法米克•詹森 Famke Janssen 饰）。不久，钢狼（休•杰克曼 Hugh Jackman 饰）也出现了。不过钢狼脾气暴躁、独来独往，X战警小队想极力拉拢钢狼加入队伍，无奈孤傲的钢狼一时也没有答应。邪恶轴心能控制磁力和地球引力的万磁王此时也在极力拉拢钢狼，X战警小队不仅要费尽心

《X战警：进化》动画由惊奇公司出品，基本忠实于漫画原作，除了X教授和金刚狼等以外主要角色变成青少年。在查尔斯·泽维尔教授的带领下，由变种人（光眼侠、简-格雷、钢刺、小淘气、夜行者、黑影猫、暴风女、金刚狼）组成的X战警小组，为了保卫这个害怕他们的世界而战斗。在成为X战警之前，这些超级英雄都还只是一群平凡的青少年……才怪，他们拥有各式各样的超能力，连一场普通的高中足球赛都可能变成善恶大对决！这群极具天赋的青少年面临的空前的磨难及考验，他们除了要和群体打成一片之外还得忙着拯救世界，且看独眼龙、小淘气、琴葛蕾和其

变种人族群遭到了前所未有的毁灭性打击，而这一切的根源是“魔形女”瑞文在1973年刺杀了玻利瓦尔·特拉斯克。X教授和万磁王决定让金刚狼穿越回1973年，说服他们一起阻止魔形女的行动。

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。