本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

战争所带来的创伤和破坏，在东京仍然历历在目。在那里，一个青年从国外归来。这个后来被称为新十郎的青年，带着一个神秘的少年·因果。没有目标的新十郎，前去和东京检察厅的虎山泉接触。过去和现在交错在一起，在寻求真相的新十郎面前，有超越神的力量的“别天王”在阻拦。这是新十郎和因果的相遇开始，“败战侦探”最初的事件。