燕赤霞年轻时爱上了小倩，但出于猎妖师的责任，他只能忍痛割爱。他没有杀小倩，而是使之失忆。他和夏雪风雷联手对付黑山老妖，后者牺牲了左臂封住了老妖。某日，宁采臣被派到黑山村来帮村民寻找水源。村长等人明知山上有妖，却没有对他道出实情。在村民铁牙的陪同下，宁采臣带着一群死囚上山找水。当他们来到兰若寺，竟然发现了水源。而他也第一次遇到了小倩。两人一见钟情。此事被黑山老妖得知，严刑拷问。燕赤霞屡次劝阻宁采臣不要陷入人妖之恋，奈何后者与小倩情深意重，明知是妖，却屡屡犯险，毫无退意。燕赤霞感到纠结，而此时黑山老妖已经开始

宁采臣与燕赤霞安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙，得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩一模一样。

很多年以前，他矢志要成为一个优秀的猎妖师，他选择了黑山做他修行和圆梦之旅的起点。那时，燕赤霞很年轻，黑山已经是一座很老的大山，那里有更老的精灵妖怪，它们过着原始的生活，粗糙简单却充满杀戮气息。他在黑山经历一场又一场的凶险恶斗，村民们都害怕进入黑山和这间寺院被称为“兰若寺。他的剑变得更可怕，他的力量也更强大，他自信可以战胜一切，直到那一天，他遇上了她和他们的悲痛故事由此开始。很多年以后...

明末清初，山河离乱。落魄书生宁采臣（赵雷 饰）遍寻旅店不得，不顾他人劝阻落脚闹鬼的金华古寺。宁与古寺中的方外侠客燕赤霞（杨志卿 饰）相谈甚欢，后夜逢女鬼聂小倩（乐蒂 饰）。小倩以美色诱人，中计者无不被她的主人千年树精姥姥（唐若菁 饰）吸血而死。小倩本欲加害采臣，但为其忠厚耿直感动，不忍下手，两人渐生感情。姥姥得知此事，势要除此二人。不得已，宁采臣求助燕赤霞，一场人鬼大战就此展开……本片获第十三届戛纳电影节金棕榈奖提名。