莱克斯·卢瑟带领的末日军团遇上黑暗君主达克赛德，这次又会对正义联盟的小伙伴们造成什么麻烦呢？

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。病毒以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但艾克赛德与灵骑却在关键时刻被敌人堵住了去路。在这穷途末路的危机下，这两名假面骑士及人类们都等待着英雄的出现，那些被称为传说的假面骑士们挺身而出，联手抗敌，共同打破了这一危机。

故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说起。曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究，不惜启动了名为恩尼格玛的机器，欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻，玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机，传说骑士们纷纷采取了行动。桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪，顺藤摸瓜地找到了创骑世界中的恩尼格玛。宝生永梦也在火野映司、如月弦太郎、天空寺尊等人的帮助下抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止两个世界的毁灭，众人需要恢复艾克赛德的力量，为此战兔竟决

在险恶的日据时代，赛德克族被迫失去自己的文化信仰，男人须服劳役不得狩猎、女人帮佣不能编织彩衣，骁勇善战的英雄莫那鲁道（林庆台 Ching-tai Lin 饰），见证三十年来的压迫统治。因一场误会种下日警和赛德克族的紧张关係，自此族人便活在恐遭日警报复的阴霾中，忍辱负重的莫那鲁道在深思后，虽知将面临灭族危机，但他明白唯有挺身为民族尊严反击，才能成为真正的赛德克人，于是决心带领族人循着祖灵之训示，夺回属于他们的猎场……