本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。

《游戏王》系列最初改编自高桥和希创作的漫画，后来因日本游戏公司KONAMI将其改编成了风靡世界的集换式卡牌游戏而为广大ACG爱好者熟知。一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。

一个在财政上出现问题的马戏团，为了让团员继续作一整季的表演，签下了有着名空中飞人圣巴斯蒂安加盟的演出。这使一心想在新一季成名的女空中飞人哈莉大为不满，另外经理布莱特为了事业一直刻意冷落暗恋他的哈莉。蒂安却因一次表演危险性高的动作发生意外，跌断了一只手而断送了表演前途。同时一名十年前失手杀妻的医生以小丑身份在马戏团里表演，后因火车翻覆而救布莱特，被警察发现...

《游戏王》系列最初改编自高桥和希创作的漫画，后来因日本游戏公司KONAMI将其改编成了风靡世界的集换式卡牌游戏而为广大ACG爱好者熟知。至今为止TCG每年都在更新换代，系列动画也一直在推陈出新，但不管对于粉丝还是路人来说，最经典印象最深刻的动画永远还是第一部。该作以原作漫画第8~38卷的以卡牌怪兽决斗和七件千年神器为主线的故事，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离原作独立创作故事奠定下基础。