1990年的9月24日，两位驾着战机的美国空军在伊拉克上空禁区做着例行飞行检查。 出乎意料的，在北大西洋公约空域中出现了一架伊拉克喷射客机，李班宁机长察觉这件意外后，准备赶这架偏离航道的飞机回正轨。约翰多克机长则飞近这架客机想一探究竟，并向客机发出请求离去讯号。突然间三架伊拉克战机冲出来，对李班宁和多克发动飞弹攻击。李班宁立刻反击，可意外还是发生了…

四只生活在纽约下水道里的小乌龟因为有毒的放射性物质的污染，开始向他们接触最多的物种--人类“进化”，并在鼠师傅斯普林特的谆谆教导下，变成了四个最可爱、最善良、最勇敢的绿壳英雄！第一次走出秘密栖身的下水道，这些忍者兄弟就将面对一个奇妙又危机四伏的世界——大都市纽约。敌人比以往更强大，忍者龟们对比萨饼的热爱有增无减，他们的忍术日臻完美，搞笑功力也更有长进！

九头蛇受尽复仇者联盟的攻击，决定反扑，一心想要毁灭地球。以红骷髅与魔多克为首的九头蛇成员们想尽办法夺得复仇者的心智，以此阻止复仇者保卫地球。然而，复仇者们随机应变，一次次在紧要关头识破九头蛇的骗局与伪装，重新找回自己的超能力并互相配合，及时摆脱险境。超级英雄们激烈回击的作战场景，从不曾让人们失望，复仇者们永远相信，正义终将到来。