故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。

战国时代，琵琶湖附近的一个小山村里住着源十郎（森雅之 饰）和妻子宫木（田中绢代 饰），还有妹夫藤兵卫、妹妹阿滨。他们以开小瓷窑、烧制瓷器为生，战乱中，源十郎想趁着战乱发一笔横财，而藤兵卫则想着成为一名武士，出人头地。二人带着烧制好的上好瓷器离开家乡去市镇变卖，果然赚到一大笔钱，源十郎甚至碰上了一位美若天仙的贵族小姐若狭（京町子 饰），雨云之欢，乐不思蜀。一天晚归的源十郎被一僧人告知是否遇见什么不干净的东西……

战争所带来的创伤和破坏，在东京仍然历历在目。在那里，一个青年从国外归来。这个后来被称为新十郎的青年，带着一个神秘的少年·因果。没有目标的新十郎，前去和东京检察厅的虎山泉接触。过去和现在交错在一起，在寻求真相的新十郎面前，有超越神的力量的“别天王”在阻拦。这是新十郎和因果的相遇开始，“败战侦探”最初的事件。