本作品是超蛙战士系列3D电影的第2部，讲述的是一个发生在外太空的故事。由于人类太空探索而产生的两个派生人种，梯族人和蛙族人为了争夺领地和资源展开了旷日持久的战争，梯族黑死星等地资源各方面都出现匮乏，生存的欲望驱使他们对外扩张，在吞并了部分弱小星球后，梯族人开始将爪牙伸向实力相对强大的蛙族领地。在巫帝、利普顿等将领的主持下，梯族军队兵分两路，大举进攻湿地星球，首当其冲的便是赤峰坎。梯族人试图通过拿下蛙族核心领地，一举完成对蛙族人的侵略和掌控。梯族人的暴行引起了蛙族世界震惊。

《超蛙战士》以科学技术达到一定高度之后，此时的地球已经不再适合人类生存为故事背景。人类在宇宙中寻找可以居住的星球和可以利用的资源，为了适应环境而对自身进行了物种基因改造处理。经历了漫长的岁月，人类的身体、面孔被不断地修复、改造而发生了变异。在遥远的MALO星系中，有这样的一群人类后裔，他们自称为“蛙人”，故事由此展开。

梯族人为争夺资源迅速进攻蛙人国，蛙族连失多个移民星球后开始急促防御。钢兽、康、贝克和大炮等人抵御梯族侵略进入军校在机甲陆军学院相识，并很快成为了好朋友。几个人先后先认识了世袭，接着参与到了峰盐和明队长合作的补给任务，结识众人敬佩的明队长和其他前线战斗人员。所有人都兴奋不已，但原本很安全的补给任务却遭到了巫帝、利普顿等梯族名将的攻击。峰盐为了保全学员兵，奋力还击。第二舰队几乎全军覆没。蛙族高层不满此次失利，明队长将所有责任揽到自己身上，对峰盐的牺牲更是几度落泪。高层准备再次组建第二舰队，而以钢兽等人为首的学

遥远和沉寂的宇宙不停的延伸，宇宙中的物质也在上演着爆发和毁灭。自然的力量总是让人觉得可怕，但是在这中间，自然却依然孕育了无数的生命形式，并赋予他们生存的权利，让他们创造自己的生存。不管是什么样的生存，故事总会有它的开端。 人类是宇宙中无数生命形式中的一种，他们有无尽的欲望，在他们生存的地球上，他们不断索取和探索、发明和创造，当这些已经不能满足他们欲望的时候，他们开始把手伸向宇宙。