自称为“狂妄的疯狂科学家”，至今仍是中二病的大学生‧冈部伦太郎与他的同伴偶然发明了能送往过去的邮件D-MAIL。由此所引起的，是即使多次过去改变（世界线移动）也会到访的、同伴死去的未来……在绝望的冈部面前出现的曙光，是不论谁也不会死亡的未来，称为“命运石之门”的世界线。跨越时间轴解开各种谜团，冈部终于到达了“命运石之门”。可是，跨越了众多世界线的冈部的脑袋，开始出现了庞大的”负荷”……

《命运石之门》的TV动画完结后，按业界惯例在最后公布了剧场版制作的消息。其实在播出前，5pb的社长志仓千代丸就在推特上公布了这个消息。剧场版为原创剧情 ，时间点是在故事完结前。

涉谷崩坏之后的一年，秋叶原RADIO会馆的大厦楼顶上坠落了人工卫星的新闻闹得沸沸扬扬。以秋叶原为据点的三人发明小组“未来发明研究所”队长，改不了中二病的大学生冈部伦太郎和他的伙伴们终日重复着古怪发明的开发。2010年7月28日，冈部为了取得学分和同级的好友桥田至一同去了讲义会场，在那里，他们遇见了年仅18岁就成功在美国科学杂志刊登论文的天才少女牧濑红莉栖。然而古怪的是，冈部在几个小时前刚刚目睹了在RADIO会馆8楼晕倒在血泊中的牧濑。更让人费解的是，这一切在一周前发送给桥田的手机短信中都记载的清清楚楚。最