故事依旧围绕李天腾与赵小宝这对活宝展开。在第二季中，李天腾与赵小宝的学校生活也同样开始渐入佳境。班级里，一个美丽可爱的转校生桃乐乐从天而降；一向存在感薄弱的瘦高个罗星居然曾经被外星人绑架过；爱显摆的雷小银居然真的要投资“豪赞赞”蛋糕店，做两兄弟的老板。高一（3）班的每一个成员都个性十足，他们用自己的方式书写着独一无二的青春。

南十字岛是一座坐落于日本南方的丰饶小岛，某天夜晚，一位名叫津名志拓人的少年来到了这座岛上。这个独自从本土游来的少年，进入了岛上的南十字学园高中部学习，性格开朗向上的他遇到了扬卷和子、进藤须方等充满个性的学生，并与他们深入交流、结下了友谊。但是，这个南十字学园其实隐藏着巨大的秘密。沉睡於地下的巨像“Cybody”，自称“绮罗星十字团”的谜之秘密结社，巫女们的歌声，以及拓人自身抱有的秘密……以被蓝天大海包围的南国之岛为舞台，爱情、梦想、友情的青春之歌，现在开幕！

《微星小超人》（Chiisana Kyojin Microman）日文名 小さな巨人ミクロマン 。在你所不知道的角落里，奥克罗星人正伸出魔掌，企图征服地球。...体积微小、守护地球和平的微星小超人烧起冲天斗志！史上最迷你、最激烈的地球保卫战就此展开。