在不久的將來，有一個住院的少年〈小鈴（スズ）〉，他是一個植入了小倉涼的性格素子的擁有性格脾氣的精密機器人。性格素子，是一種人類的記憶載體，一旦從人類身上取出，植入性格素子機器人的體內，這種機器人，就會擁有記憶所有者的性格脾氣。涼死了以後，作為涼的替身，小鈴被涼的父母製造出來，現在，他正在不斷地整理自己的記憶，以求真正成為涼的替身。有一天，小鈴遇見了一個住在一個舊病房的，名叫清水畔＜清水ほとり＞的女孩。女孩在得知小鈴的身份後，說道：「與我正相反。」阿畔是因為生病而喪失記憶，不久將會死去。於是「擁不該有的記憶

公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”（并非“信息化的存在”）。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成

2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。