正直善良的藤野兆治（高仓健 饰）因与上司发生分歧离开了工作多年的函谷船坞，在此之后他和妻子茂子（加藤登纪子 饰）自食其力，开了一家小酒馆。当初工厂里的朋友岩下（田中邦卫 饰）、秋本（小松正夫 饰）

新婚夫妇菜奈（原田知世饰）和翔太（田中圭饰）搬进了公寓的新房，幸福甜蜜的两人对新生活充满期待。搬家当天公寓要开居民会，菜奈猜拳输给了翔太，便独自前去参加。

灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持

前挂川高中的球队队长，在意大利豪门球队大展身手的“世界级猛将”神谷笃司。现在就读于球队羸弱的挂川高中，与足球部保持距离的辻秀人。二人相遇时，新的传说将拉开大幕——

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。