在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣 桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话……

世界首个VRMMORPG游戏《Sword Art Online》成为了“死亡游戏”。距1万名用户被困在游戏中一事发生，已有一个多月。攻略了钢铁浮游城“艾恩葛朗特”第一层后，亚丝娜继续与桐人搭档，以最顶层为目标继续着旅程。然而，带领玩家攻略游戏的两大精英公会“ALS”（艾恩葛朗特解放队）和“DKB”（龙骑士团）之间爆发了冲突，这背后，有一名神秘人物在暗中行动。在命悬一线的危险战斗中，继“攻略”压力后的另一重“威胁”将桐人和亚丝娜卷入其中。影片根据川原砾同名人气小说改编。

“这里……是哪儿……？”如果注意到桐人、不知为什么陷入了庞大的空想虚拟世界。登陆前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。之后，桐人到达了漆黑的大树“基加斯西达”并与一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样“感情丰富”。在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着这个世界。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――本来，不存在的记忆。在那个回忆中，有着一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘