故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。

　拉加蒂家族和萨尼拉家族是古吉拉特邦经营枪械生意的两大家族，因为世仇，两个家族之间的关系可以用水火不容来形容。罗摩出生于拉加蒂家族，虽然整天和枪械子弹为伍，但是罗摩实际上是一个非常善良以及热爱和平的男人。丽拉则是萨尼拉家族的小女儿，她拥有美艳不可方物的外表和敢爱敢恨的洒脱个性。一次偶然中，罗摩邂逅了丽拉，俊男和美女之间迅速碰撞出了爱情的火花。然而，他们都知道，这段感情注定为天理所不容，为了能够长相厮守下去，这对爱侣决定私奔。

　「Upotte!!」的故事是以青锖学园为舞台，青锖学园与其他学园的不同之处在于除了男主角外，所有人都是拟人化的枪械，她们从世界各地集中至青锖学园就读，并以子弹的类别区分学年。作为普通人类的男主角现国在不知道青锖学园的真面目便到青锖上任，并遇上各种性格各异的女学生。在天王寺狐的笔下，这些女学生都代表着某一型号的枪械，而她们的性格也会反映着枪械的特性。中等部的女主角芬子是来自比利时型号FNC的枪，她因为看见了现国拿枪的姿势而对他充满好感，并产生了恋爱感觉。