与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者【Nightfly O'Note】的威胁。人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关【LAG】，并组成对Nightfly O'Note战斗单位【Scared Rider】，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的Nightfly O'Note侵袭再度开始了。第六战斗单位【Scared

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

喜欢合理单独行动的初中3年级学生四谷友助，有一天被传送到了游戏中的异世界——。那里有已经被传送过去的同班同学新堂衣宇和箱崎红末，成为第三位玩家的他，拼上性命挑战任务。排除感情，对一切要素都一视同仁，有时甚至将伙伴的性命当做棋子的冷酷四谷。面对来袭的魔物，麻烦的事件，以及暗中活动的强敌，他能否避免队伍全灭，在这游戏中通关？