继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

2014 年 8 月，北浔市一栋民居发生火灾，巨大火势迅速蔓延，少女南初被困家中。失去意识前的最后一秒，南初看见一名消防员破门而入，将她抱出烈火。隔着面罩，南初记住了他的眼睛，还有编号。也是同一天，岷石县发生 6.9 级地震。孟国弘带领北浔市滨西区消防特勤中队，前往敬德中学救灾抢险。地震现场惨烈异常，死伤众多。

性格内向的小学四年级男生阳向，默默喜欢着班上的人气女孩时雨。两人拥有着共同的爱好——喂养学校的小鸟。在一次偶然中，阳向和时雨开始有了接触，两人渐渐拉近了彼此间的距离。对未来发展充满希望的阳向在心中描绘着与时雨共处的美妙情景，然而天有不测风云，不久后对方要转校的消息传来，悲伤的阳向变得无精打采，却迟迟无法开口倾诉自己的感情。到了时雨即将离开的这一天，阳向终于打破了心中鸟笼的桎梏，下定决心奔跑起来。“我想说的是——我喜欢你，时雨同学！”阳光中的青时雨，与心中幻想的那只天鹅一同飞翔的阳向，能否将自己的心意传达给